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Cada vez que hay una actualización nueva del JRE se descarga una versión nueva completa y se mantiene la anterior; es decir, si tienes instalado el JRE 1.6.0_04 y te bajas la siguiente versión seguirás teniendo este JRE y el 1.6.0_05. Este es el comportamiento por defecto, al menos en Windows. Y es sorprendente la gran cantidad de JREs que puedes llegar a acumular.   El motivo por el que los de Sun hacen esto es para garantizar que no rompen nada en tu sistema. Existe una pequeña posibilidad de que una aplicación Java funcione correctamente con una versión anterior, y no con la siguiente. Y, más a menudo, algunas aplicaciones emplean el path del JRE para acceder a él, en vez de emplear alguna variable de entorno. Si cambian el nombre del directorio, la aplicación deja de funcionar.