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Es facil, al inicio de tu aplicacion tendras que inicializar los threads, que son algo asi:

gtk.gdk.threads_init()
 

Esto lo tendras que hacer antes de iniciar algun thread. Y luego, al usar algun thread debes englobarlo dentro de

gtk.threads_enter()
thread.start_new(funcion, (arg1,arg2,argN))
gtk.threads_leave()
 

Solo recuerda que no debes manipular gtk fuera del thread en el que esta corriendo el ciclo principal (gtk.main_loop).

Si lo que necesitas es estar cachando informacion en un thread aparte y modificar la interfaz (ej. Leyendo un socket y mostrando informacion de cuanto llevas leido) entonces usa alguna bandera y modifica tu apariencia en el thread principal, de lo contrario tendras problemas con gobject y glib.